Anteriormente la Sierra de San Francisco fue habitada por la comunidad indígena Cochimí, y en los años 1700´s fue invadido por los misioneros españoles que exploraban la península de Baja California. Los primeros registros del área datan de 1789 en los escritos del jesuita Francisco Javier Clavijero. Según la información que se ha ido trasmitiendo por generaciones, el rancho San Francisco de la Sierra fue fundado por el Sr. Buenaventura Arce el 12 de diciembre de 1857, sin embargo formalmente se constituye hasta el año de 1867. La Sierra de San Francisco por décadas se ha distinguido por albergar un importante número de rancheros dedicados a la cría y ordeña de cabras y producción de queso fresco y oreado, que por siempre les ha representado su ingreso más importante, al que solo se suma el que se origina por la venta de animales de desecho y cabritos machos, y las actividades de turismo para la visita de galerías de arte rupestre. Dentro de la cultura material destaca la utilización del cuero para los aditamentos de montar. Actualmente no hay indígenas en el área, los rancheros son considerados por algunos estudiosos como los sobrevivientes del último grupo local pertenecientes a los Cochimíes y de hecho existe una propuesta ante el INAH para que el sitio sea declarado como pueblo indígena.

La zona cuenta con una multiplicidad de pinturas rupestres, aun no totalmente exploradas, lo que hizo ganarse su denominación como Sitio Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. El área declarada abarca en total un polígono de 206 800 has, de los cuales la Sierra de San Francisco abarca 183,946 has. En esta área se han localizado más de 300 sitios arqueológicos considerados de gran importancia, por los peculiares rasgos de sus pinturas y grabados. En varias galerías ya se han realizado estudios y hallazgos que permiten suponer que algunas de las cuevas y parte de la región se encontraban habitadas por grupos humanos desde hace unos 10 mil años, y que la costumbre de pintar en la roca comenzó hace más o menos cinco a seis mil años.

Gracias a los fondos otorgados por World Heritage Alliance de la United Nations Foundation y de Rufford Small Grants Foundation, Pronatura Noroeste AC (PNO) a través de su programa regional Turismo para la Conservación a cargo de la Biól. Tania Paola Romero Brito, ejecutó un proyecto destinado a promover el desarrollo comunitario de la Sierra de San Francisco a través del turismo de bajo impacto, generando un incentivo económico para la conservación del sitio. A partir de este proyecto, PNO generó un diagnóstico de las condiciones actuales y oportunidades futuras para ejecutar actividades turísticas de bajo impacto, mismo que servirá como línea base para proyectos ejecutables en el corto y mediano plazo. Así mismo, se generó este sitio de Internet para apoyar la promoción del sitio, y se realizó trabajo comunitario para diversificar la oferta de la comunidad, con el fin de incrementar el reconocimiento de este legado cultural y su conservación.